土壤中施用微生物好處多，具體有以下幾個方面：

1.改善土壤團粒結構，有益微生物進入土壤會在根系周圍產生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結合，形成土壤團粒結構，增進土壤蓄肥、保水能力。

2.提高了肥料利用率，把土壤中有機物降解為作物可再利用的礦物質、氨基酸、糖類、有機酸、小分子多肽、腐殖質、二氧化碳等。

3.微生物在其繁殖和代謝過程中，可以降解土壤中殘留的化肥、有機農藥、重金屬和其他污染物等，在其理化反應中對上述污染物質進行分解、轉化、固定、轉移以及新的無害化合成，把他們分解成低害甚至無害的物質，降低土壤污染的程度。

此外，微生物還能促進作物生長，代謝會分泌赤霉素、細胞分裂素、生長素等活性物質，刺激、調節作物生長，有利于農作物增產；還會在土壤會在根際定殖，搶先站位，拮抗病菌；固氮固碳等作用。

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